- klasické metody stanovení celkového obsahu půdní organické hmoty a obsahu C, N a P v půdách
- stanovení mikrobiální biomasy pomocí fumigačně-extrakční metody i fyziologických metod
- stanovení obsahu dostupných živin v půdním roztoku
- měření produkce skleníkových plynů (CO2, CH4 a N20) z půdy v laboratorních i terénních podmínkách
- stanovení aktivity vybraných extracelulárních enzymů hrajicích důležitou roli v cyklech C, N a P
- analýza složení půdního mikrobiálního společenstva pomocí moderních molekurárních metod (extrakce DNA a RNA)
- kvantitativní PCR, zaměření na funkční geny v cyklu uhlíku a dusíku
- využití značení stabilními izotopy C a N pro stanovení rychlosti klíčových procesů v cyklu C a N
