Pochopení role mikroorganismů v ekofyziologii, zejména ve výživě bezkořenných rostlin, s využitím masožravého rodu Utricularia jako modelu. Masivní sekvenování nové generace umožní studovat kvalitativní i kvantitativní rozdíly v expresi genů rostlin v různých fázích mikrobiální kolonizace pastí.
Bezkořenná Utricularia je nejpočetnějším rodem masožravých rostlin s jedním z nejmenších známých genomů u krytosemenných. Soudíme, že mutualistická interakce rostlina-mikroorganismy v pastech vodních bublinatek má velký vliv na ekofyziologii rostlin, zejména příjem živin (N a P), a vede ke změně růstu i charakteru rostlinné genové exprese. Tento předpoklad se pokusíme ověřit identifikací hlavních metabolických drah závislých na mikroorganismech, což nám umožní poznat úlohu mikroorganismů v získávání živin u bublinatek. Využijeme moderní, vysoce účinné sekvenační metody, které dovolují srovnání celých transkriptomů axenicky rostoucích U. vulgaris a rostlin v různých stádiích mikrobiální kolonizace. Analýza celogenomové diferenciální exprese RNA poskytne hlubší vhled do biologických (metabolických) procesů a molekulárních mechanismů, které jsou podstatou symbiozy rostlin a mikroorganismů. Transkriptomické údaje budou doplněny daty z růstových pokusů, analýz živin v pastech, z translokace stabilních izotopů C a N i studiem vývoje mikrobiálního společenstva a jeho fyziologického stavu.
