Vodní ekosystémy:
►sledování rybích společenstev sladkovodních nádrží v Evropě a na Srí Lance ve spolupráci s Hydrobiologickým ústavem BC AV ČR, v.v.i.
►evoluční ekologie: Evofish, University of Bergen, Norsko (M. Heino) a další.
►evoluční a populační ekologie bezobratlých: Entomologický ústav BC AV ČR, v.v.i., University of Sheffield, UK (A. Beckerman); Systemic Conervation Biology, University of Göttingen, Německo (B. Rall, A. Binzer) a další.
Populační dynamika a symbiotické interakce rostlin:
Naše skupina dlouhodobě spolupracuje s Botanickým ústavem AV ČR v Průhonicích i Třeboni a Přírodovědeckou fakultou UK v Praze (Z. Münzbergová, P. Kohout, Š. Janeček, J. Suda, P. Trávníček). V rámci aplikovaných témat spolupracujeme se státními orgány ochrany přírody jako jsou CHKO Bílé Karpaty, NP Šumava, AOPK ČR a jiné. Naše dlouhodobá zahraniční spolupráce se týká Univerzity a CNRS v Montpellier (M.-A. Selosse), Univerzity Kwa-Zulu Natal (S.D. Johnson), Univerzity v Salzburgu (S. Dötterl), Univerzity v Boloni (G. Pellegrino) a další.